Biomedicina

Três Perguntas Para J. Craig Venter

Pesquisa Genética e Computação Estilo Vale do Silício Estão Começando a se Fundir.

  • Quinta-feira, 31 de julho de 2014
  • Por Antonio Regalado
  • Tradução por Elisa Matte (Opinno)


Imagem: J. Craig Venter

Cientista genético e empresário, J. Craig Venter, é mais conhecido por ter sido a primeira pessoa a sequenciar seu próprio genoma (2001).

Este ano, ele começou abriu uma nova empresa, a Human Longevity, que tem a intenção de sequenciar um milhão de genomas humanos até 2020 e, finalmente, oferecer programas baseados na Web para ajudar as pessoas a armazenar e compreender seus dados genéticos (veja "Microbes and Metabolites Fuel an Ambitious Aging Project").

Venter diz que já sequenciou o genoma de 500 pessoas até agora e que os voluntários também estão começando a passar por uma bateria de testes que medem sua força, tamanho do cérebro, quanto sangue o coração consegue bombear e, diz Venter, "quase tudo que pode ser medido sobre uma pessoa, sem ter que abri-las". Esta informação será inserida em um banco de dados que pode ser usado para entender as ligações entre seus genes e essas características, bem como doença.

Mas isso vai exigir uma boa quantidade de análise de dados. Para conseguir essa capacidade, Venter recrutou Franz Och, o especialista em aprendizado de máquina que lidera o Google Translate. Agora Och vai aplicar métodos semelhantes para estudar genomas em uma oficina de ciência de dados e software que Venter está abrindo em Mountain View, na Califórnia.

A contratação vem bem no momento em que o próprio Google lança um esforço que soa semelhante iniciando a coleta de dados biomédicos (veja "What's a Moon Shot Worth These Days"). Venter diz que o plano do Google de criar uma base de dados biomédica é "um pequeno passo, uma versão muito menor do que estamos fazendo".

O que está claro é que a pesquisa genética e a ciência de dados estão se aproximando de novas formas e em uma escala muito maior do que nunca. Perguntamos ao Venter porquê.

Como estamos indo na genômica?

Na minha opinião não houve um número significativo de avanços. Uma razão para isso é que a genômica segue uma lei de números muito grandes. Eu tenho meu genoma há 15 anos e não há muito que possa aprender, porque não há muitos outros com os quais comparar.

Por que contratar um especialista em tradução por máquina, como seu principal cientista de dados?

Até agora, não apareceu software que pudesse comparar meu genoma ao seu, muito menos a outros um milhão de genomas. Queremos chegar a um ponto em que serão necessários apenas alguns segundos para comparar seu genoma aos de todos os outros. Vamos precisar trabalhar muito para conseguir fazer isso.

O Google Tradutor começou como um algoritmo lento que levava horas ou dias para rodar e não era muito preciso. Mas Franz [Och] construiu uma versão aprendizado de máquina que podia passear pela internet e encontrar cada artigo traduzido do alemão para Inglês ou vice-versa e aprender com aqueles. E, então, ele foi otimizado e agora funciona em milissegundos.

Convenci Franz, e ele se convenceu, de que compreender o genoma humano na escala que estamos tentando fazê-lo vai ser um dos maiores desafios de tradução da história.

Como descobrir conexões entre genes e doenças se assemelha a traduzir línguas?

Tudo em uma célula deriva de seu código de DNA, todas as proteínas, suas estruturas, se elas duram segundos ou dias. Tudo isso é pré-programado na linguagem do DNA. Depois, tudo isso se traduz em vida. As pessoas vão ficar muito surpresas com o quanto somos um espécie baseada em um software chamado DNA.

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